Historia nowego świata Shinobi w "Anime Warriors" rozpoczyna się 100 lat po wydarzeniach w Naruto Shippuuden. Wszystkie wioski zostały zniszczone po wielkiej wojnie, zginęli na niej również wszyscy Kage. Ludzie jednak jednoczą się i odbudowują wioski. Niedługo później postanowili, że wybiorą nowych przywódców. Ci członkowie klanów, którzy przeżyli, osiedlili się w różnych częściach świata. Wioski odrodziły się i już wydają nowych, młodych ninja, którzy będą ją chronić.

Problemy jednak znów się zaczynają. Ogoniaste bestie, które są na wolności osiedliły się w różnych miejscach, jednak niedaleko wiosek. Ludzie boją się o swoje życie, dlatego czekają na śmiałków, którzy ujarzmią demony.

Zachowały się również niektóre pamiątki po bohaterach, dlatego jutsu nie poszły w zapomnienie. Zwoje z poradnikiem nauki technik można znaleźć w różnych miejscach takich jak gabinety kage i sensei.

Od teraz to właśnie gracze tworzą historie świata. A więc nie czekaj, stwórz swoją postać i zacznij grę!