Chakra jest to energia przepływający przez specjalny układ żyłek w naszym ciele - tenketsu. Jeżeli chcemy wykonać jutsu musimy skorzystać z dwóch energii - mentalnej i fizycznej. Po odpowiednim skumulowaniu chakry i wykonaniu potrzebnych pieczęci będziemy w stanie wykonać jutsu.

Chakra może być też żywiołowa, jest ich pięć (żywiołów) - Katon - ogień, Suiton - woda, Doton - ziemia, Fuuton - powietrze i Raiton - pioruny. Aby wykonać żywiołową technikę musimy wykonać czynności takie jak wcześniej i odwołać się do któregoś z żywiołów.

W naszym świecie chakrę przelicza się na punkty. Początkowo jako uczeń akademii mamy 1000 punktów energii i od tego momentu możemy ją zwiększać przy pomocy treningu chakry. Awansując na poszczególne rangi nasza chakra nie zwiększa się.